Ваш браузер устарел!

Браузер, которым вы пользуетесь для просмотра этого сайта, устарел и не соответствует современным технологическим стандартам Интернета.

Вы можете установить последнюю версию подходящего браузера, воспользовавшись ссылками ниже:


Вернуться к списку УНУ

Региональная профилированная коллекция алканотрофных микроорганизмов

Сокращенное наименование УНУ: ИЭГМ

Базовая организация: Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук ‒ филиал Федерального государственного бюджетного учреждения науки Пермского федерального исследовательского центра Уральского отделения Российской академии наук

Ведомственная принадлежность: Минобрнауки России

Классификационная группа УНУ: Коллекции

Год создания УНУ: 1988

Размер занимаемых УНУ площадей, кв. м: 220.6

Сайт УНУ: http://www.iegm.ru/iegmcol/

Заказать услуги УНУ

Контактная информация:

Местонахождение УНУ:

  • Федеральный округ: Приволжский
  • Регион: Пермский край
  • 614081, г. Пермь, ул. Голева, д. 13

Руководитель работ на УНУ:

Сведения о результативности за 2017 год (данные ежегодного мониторинга)

Участие в мониторинге: даЧисло организаций-пользователей, ед.: 12Число публикаций, ед.: 30Загрузка в интересах внешних организаций-пользователей, %: 44.91

Информация об УНУ:

Реально действующая в Уральском регионе Региональная профилированная коллекция алканотрофных микроорганизмов (официальный акроним ИЭГМ, www/iegm.ru/iegmcol) предназначена для сбора, детального изучения и гарантированного сохранения аутентичных непатогенных штаммов микроорганизмов, ведущих окисление природных и антропогенных углеводородов. При разработке концепции профиля Коллекции ИЭГМ учитывался тот факт, что Пермский край – один из перспективных нефтегазопромысловых районов Российской Федерации, что сопряжено с экологическими проблемами, в том числе нефтяными загрязнениями. Аналоги такой коллекции отсутствуют. Собранный генофонд микробных культур с высокой активностью оксигеназного ферментного комплекса  − удобный объект для изыскания новых продуцентов ценных веществ, деструкторов и трансформаторов ксенобиотиков и активных биоаккумуляторов ионов тяжелых металлов, а также для конструирования новых форм и создания новых биологических технологий. Биоресурсы коллекции ИЭГМ реально использовать в различных областях биотехнологии и защиты окружающей среды − от биоиндикации углеводородных залежей до интенсификации процессов биодеградации нефтяных углеводородов и биокатализа в тонком органическом синтезе. Коллекция ИЭГМ располагает автоматизированной базой данных,  современными методами характеристики и идентификации культур, а также квалифицированным персоналом, имеющим навыки работы с углеводородокисляющими микроорганизмами, таксономический опыт и практику профессионального хранения биотехнологически ценных живых культур. Опыт и профессионализм специалистов позволяет проводить на базе коллекции ИЭГМ сервисные работы по таксономическому анализу штаммов и обучающие курсы с предоставлением рабочего места исследователям для овладения методами детекции, культивирования и идентификации алканотрофов, а также предоставлять консультации по вопросам выделения, таксономии, биологических особенностей и консервации поддерживаемых культур. Деятельность специализированной коллекции помимо фундаментальных исследований (комплексное изучение биологии алканотрофов, адаптационных механизмов их выживания в антропогенно нарушенных экосистемах) и собственно коллекционной работы (адекватный сбор природного материала, классификация и таксономическое описание изолятов, оценка их биотехнологической пригодности, разработка методов долгосрочного хранения культур и их функционального разнообразия, совершенствование информационного сопровождения культур в соответствии с международными стандартами, обеспечение непрерывности в передаче потребителям штаммов и накопленной научной информации о них) включает прикладные исследования (получение новых препаратов, разработка перспективных технологий) с использованием коллекционного генофонда алканотрофов. Номенклатурная ревизия поддерживаемых культур с использованием современных методов полифазной таксономии проводится с периодичностью один раз в два года. Биологическая информация о штаммах представлена в систематически издаваемых каталогах. Среди пользователей − различные коллективы отечественных и зарубежных вузов и исследовательских учреждений, специалисты в области микробиологии, биотехнологии, экологии и медицины, инженерно-технические работники промышленных предприятий, преподаватели и студенты вузов. Для учебных целей культуры предоставляются безвозмездно. Биоресурсы коллекции ИЭГМ активно востребуются в рамках федеральных и международных программ, на базе УСУ выполняются междисциплинарные проекты с привлечением математиков, химиков, физиков, фармацевтов.

Главные преимущества, обоснование уникальности установки, в том числе сопоставление УНУ с существующими аналогами, многофункциональность и междисциплинарность УНУ:

Региональная профилированная коллекция алканотрофных микроорганизмов (официальный акроним ИЭГМ, www/iegm.ru/iegmcol) − единственная и сравнительно молодая российская коллекция, специализирующаяся на сборе, изучении и поддержании аутентичных непатогенных практически ценных микробных культур, деструктирующих нефтяные углеводороды и ксенобиотики. Коллекция ИЭГМ является членом Всемирной Федерации коллекций культур, Европейской организации коллекций культур, включена во Всемирный справочник коллекций культур, входит в сеть специализированных российских микробиологических коллекций немедицинского профиля, располагает каталожной базой данных, интегрированной в международную поисковую систему по штаммам микроорганизмов Биологических ресурсных центров, современными методами полифазной таксономии, а также квалифицированным персоналом, имеющим навыки работы с углеводородокисляющими микроорганизмами, таксономический опыт и практику профессионального хранения живых культур. Генофонд коллекции включает более двух тысяч чистых идентифицированных детально охарактеризованных штаммов, выделенных из образцов почв, ризосферы, поверхностных и пластовых вод, снега, воздуха, керна, отобранных из контрастных эколого-географических регионов. Принцип отбора штаммов в коллекцию по таксономическим и функциональным критериям − их потенциальная перспективность для работ по биотехнологии и защите окружающей среды. Среди коллекционных культур широко представлены экстремотолерантные штаммы с высокой активностью оксигеназ, имеющие значительный потенциал для промышленной эксплуатации; штаммы-биопродуценты аминокислот, ферментов, липидов с высоким содержанием ненасыщенных жирных кислот, биосурфактантов; штаммы-биодеструкторы экополлютантов, в том числе сырой нефти и нефтепродуктов. Коллекция ИЭГМ располагает типовыми и референтными штаммами, принадлежащими к родам видов Agromyces, Arthrobacter, Brachybacterium, Brevibacterium, Clavibacter, Corynebacterium, Curtobacterium, Dermacoccus, Dietzia, Gordonia, Koсuria, Microbacterium, Micrococcus, Mycobacterium, Nocardia, Nocardioides, Rhodococcus, Terrabacter, Williamsia (всего 86 видов актинобактерий). В коллекции собран наиболее полный в стране и за рубежом фонд непатогенных штаммов актинобактерий рода Rhodococcus с высокой активностью оксигеназного комплекса. С учетом изученных структурных и физиологических особенностей коллекционных штаммов разработаны оптимальные режимы криоконсервации и лиофилизации культур с предварительно индуцированным алканотрофным обменом. Коллекция ИЭГМ по своему объему, представленному видовому разнообразию, спектру научного и прикладного применения коллекционных штаммов, выполняемым функциям сопоставима с фондами ведущих европейских центров микробных биоресурсов и входит в число российских коллекций, по степени готовности отвечающим требованиям формирования Биологического ресурсного центра.

Наиболее значимые научные результаты исследований (краткое описание):

На основе биоресурсов коллекции ИЭГМ разработаны способ получения эффективного органического носителя иммобилизованных микроорганизмов (Патент РФ 2298033), с помощью которого созданы лабораторные образцы устойчивых полифункциональных биокатализаторов процессов получения новых материалов и биологически активных соединений (Патент РФ 2472857); биопрепарат нового состава и новой (олеофильной) формы, пригодный для очистки нефтезагрязненных почв в условиях холодного климата (Патент РФ 2180276); оригинальный способ получения Rhodococcus-биосурфактантов и экологически безопасная экспресс-технология биоремедиации нефтезагрязненных почв и грунтов (Патент РФ 2193464); новый методологический подход к утилизации непригодных к медицинскому использованию лекарственных средств, а также впервые показана возможность использования актинобактерий для биокоррекции фазового состава керамических материалов с целью улучшения их эксплуатационных характеристик. На базе Национального центра секвенирования Франции "Геноскоп" (Genoscope − Centre National de Séquençage, Эври, Франция, www.genoscope.cns.fr) расшифрован геном коллекционного штамма-активного нефтедеструктора и продуцента гликолипидных биосурфактантов R. ruber ИЭГМ 231. Биологическая информация о поддерживаемых в коллекции ИЭГМ штаммах включена в Глобальный каталог микроорганизмов (Global Catalogue of Microorganisms, GCM, http://gcm.wfcc.info), формируемый в настоящий момент WDCM. Предполагается, что в проект войдет 200 ресурсных коллекций. На настоящий момент запущена демонстрационная версия GCM с участием лишь 20 ведущих европейских коллекций. Разработана оригинальная методика экстракции белков из непатогенных актинобактерий для определения их таксономической принадлежности с помощью матрикс-ассоциированной лазерной десорбции/ионизации время пролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS). Впервые показана способность актинобактерий рода Rhodococcus к биодеструкции азотсодержащего гетероциклического экофармполлютанта дротаверина гидрохлорида. Подобраны оптимальные условия его биодеструкции, определены пути разложения. Среди промежуточных продуктов биодеструкции дротаверина детектировано соединение 1-оксо-6,7-диэтокси-1,2,3,4-тетрагидро-изохинолин (m/z=235,2), являющееся структурным аналогом производных изокарбостирила. Замещенные 1(2Н)- изохинолоны перспективны в синтезе веществ с различной биологической активностью. Разработан способ очистки нефтезагрязненной воды в колоночном биореакторе с псевдоожиженным слоем путем внесения биосурфактантного препарата и адаптированной ассоциации коиммобилизованных родококков. Получены положительные результаты использования Rhodococcus-биосурфактантных комплексов для извлечения ионов тяжелых металлов из антропогенно загрязненных дерново-подзолистых, песчаных и суглинистых почв. Результаты исследования используются для решения проблем очистки и восстановления антропогенно загрязненных почв. Впервые показана способность родококков к биотрансформации пентациклического тритерпеноида лупанового ряда бетулина. Разработан оригинальный способ биокаталитического получения бетулона и предложен новый подход к синтезу конденсированных гетероциклических производных бетулина на основе бетулона, полученного микробиологическим путем (Патент 2529365). Разработан оригинальный способ получения стигмаст-4-ен-3-она из бета-ситостерола (Патент 2472857). Разработан оригинальный биокаталитический способ получения оптически активного фенилметилового сульфоксида (Патент 2477316). Способ и установка для определения эффективности адсорбционной иммобилизации микроорганизмов и мониторинга функционального состояния биокатализаторов на основе иммобилизованных микробных клеток (Патент 2475542). Разработан способ биодеградации фармполлютанта дротаверина гидрохлорида (Патент 2496866). Разработан способ определения жизнеспособности и прямого обнаружения бактериальных интродуцентов с помощью видоспецифических ПЦР-праймеров (Патент 2525934).

Направления научных исследований, проводимых на УНУ:

  • Структура и функция микробных сообществ, оценка роли микроорганизмов в биосферных процессах;
  • Молекулярно-генетические механизмы адаптации микроорганизмов к стрессорным факторам, регуляция роста и развития микроорганизмов в экспериментальных условиях и природных экосистемах;
  • Анализ генов метаболизма органических соединений;
  • природные микроорганизмы, селекция высокопродуктивных штаммов и создание эффективных биокатализаторов, перспективных для получения новых фармакологических средств и биоремедиации загрязненных экосистем.

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):

  • Науки о жизни
  • Рациональное природопользование

Фотографии:

Состав УНУ и вспомогательное оборудование: (номенклатура — 15 ед.)

Автоклав вертикальный ВК75
Фирма-изготовитель:  Тюменский завод медицинского оборудования
Страна происхождения:  Россия
Год выпуска:  1988
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Паровой полуавтоматический стерилизатор с вакуумной сушкой, предназначен для стерилизации водяным насыщенным паром под давлением изделий биологического и медицинского назначения.

Автоматизированный оптический микроскоп ОМ 2000
Фирма-изготовитель:  Leica
Страна происхождения:  Германия
Год выпуска:  2009
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для визуализации микроорганизмов, определения морфологических характеристик, документирования изображений.

Атомно-адсорбционный спектрофотометр AA6300
Фирма-изготовитель:  Shimadzu
Страна происхождения:  Япония
Год выпуска:  2010
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для анализа биогенных и абиогенных химических соединений, метаболитов, продуктов биотрансформации и биосинтеза.

Вертикальный морозильник сверхнизких температур (-85С)
Фирма-изготовитель:  SANYO
Страна происхождения:  Япония
Год выпуска:  2005
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Оборудование для долгосрочного хранения биологического материала (бактериальных культур, природных образцов и биопрепаратов).

Лабораторная установка для измерения наноразмерных частиц Zetasizer Nano ZS
Фирма-изготовитель:  Malvern Instruments
Страна происхождения:  Великобритания
Год выпуска:  2010
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для анализа размеров частиц, молекулярного веса и зета-потенциала диспергированых частиц, бактериальных клеток и молекул. Рабочий диапазон определения размеров частиц: от 0.6 нм до 6 мкм. Концентрационный диапазон: от 0.1 ppm до 40% весовых. Диапазон определения молекулярного веса: 1x10E3 - 2x10E7.

Настольный ферментер-биореактор BioFlo/CelliGen 115
Фирма-изготовитель:  New Brunswick
Страна происхождения:  Нидерланды
Год выпуска:  2014
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Предназначен для культивирования микроорганизмов в периодическом режиме, с подпитками, а также непрерывных процессов с перфузией.

Проточный цитометр EPICS XL 4
Фирма-изготовитель:  Beckman Coulter Inc/
Страна происхождения:  Соединённые Штаты Америки
Год выпуска:  2007
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для измерений морфологических параметров клеток (размер, структурная неоднородность) в гетерогенной популяции.

Респирометр замкнутого цикла Micro-oxymax
Фирма-изготовитель:  Columbus Instruments, США
Страна происхождения:  Соединённые Штаты Америки
Год выпуска:  2007
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для автоматического измерения уровня потребляемого кислорода и выделяемого углекислого газа бактериальной популяцией.

Система высокоэффективной жидкостной хроматографии LC-20AD
Фирма-изготовитель:  Shimadzu
Страна происхождения:  Япония
Год выпуска:  2012
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Система ВЭЖХ предназначена для качественного и количественного анализа сложных органических соединений, в том числе сульфидов, растительных стеролов и терпеноидов, нефтепродуктов и фармацевтических препаратов, а также продуктов их микробной биотрансформации.

Система детекции продуктов ПЦР в реальном времени, амплификатор CFX Connect
Фирма-изготовитель:  Bio-Rad Laboratories, Inc.
Страна происхождения:  Соединённые Штаты Америки
Год выпуска:  2014
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Предназначен для  постановки полимеразной цепной реакции с РНК-зондами к ферментам окислительной трансформации углеводородов и с видоспецифическими ДНК-праймерами к экологически значимым видам актинобактерий. Обеспечивает количественный анализ экспрессии функциональных генов и гена 16S РНК у коллекционных культур актинобактерий и в природных образцах. Необходимо при исследовании функциональных генов и ключевых ферментов биотехнологически перспективных коллекционных штаммов.

Система для флэш-хроматографии с набором картриджей Sepacore C601/610
Фирма-изготовитель:  BUCHI
Страна происхождения:  Швейцария
Год выпуска:  2014
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Предназначена для быстрого высокопроизводительного  разделения сложных многокомпонентных смесей с высоким разрешением, эффективного выделения целевого вещества из смеси сложного состава. Используется для разделения продуктов микробного биосинтеза, выделения и очистки целевых продуктов биотрансформации сложных органических соединений, анализа интермедиатов биодеструкции органических ксенобиотиков, нефтепродуктов, фармполлютантов.

Теплообменник инкубатор-шейкер для культивирования микрооорганизмов 3033
Фирма-изготовитель:  GFL
Страна происхождения:  Германия
Год выпуска:  2003
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Предназначен для инкубации микроорганизмов, ферментации, гомогенизации, химических и биохимических реакций, исследования микробных физиологических процессов.

Установка для секвенирования ДНК MEGABase
Фирма-изготовитель:  Amershem Bio-science
Страна происхождения:  Великобритания
Год выпуска:  2007
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Предназначена для секвенирования молекул ДНК различной длины, определения их нуклеотидной последовательности. В результате секвенирования получают описание первичной структуры линейной макромолекулы в виде последовательности мономеров в текстовом виде.

Хромато-масс-спектрометр 6890/5973N MSD
Фирма-изготовитель:  Agilent Technologies, США
Страна происхождения:  Соединённые Штаты Америки
Год выпуска:  2002
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Используется для снятия масс-спектров органических соединений и растворимых полимеров при проведении биотрансформационных исследований и доказательства строения получаемых биологически активных соединений. В качестве детектора и кварцевой колонкой НР-5MS SN US 15189741-1.

Электронная термостабилизационная система Freeze Dryer Alpha 1-2 LD
Фирма-изготовитель:  CHRICT GmbH
Страна происхождения:  Германия
Год выпуска:  2003
Количество единиц:  1
Назначение, краткая характеристика: Лабораторное оборудование для обеспечения исследований в области микробиологии, биохимии и биотехнологии. Позволяет осуществлять лиофильное высушивание микроорганизмов и биологического материала. Необходимо при функционировании банка длительно жизнеспособных микробных культур и для сохранения биологических препаратов без потери их биологически ценных свойств.

Услуги УНУ: (номенклатура — 15 ед.)

Для подачи заявки на оказание услуги щелкните по ее наименованию

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):  Науки о жизни

Методики измерений, применяемые на УНУ: (номенклатура — 14 ед.)

Методика иммунофлуоресцентного анализа природных образцов с помощью видоспецифичных поливалентных иммунных сывороток

Методика криоконсервации коллекционных культур алканотрофных актинобактерий

Методика лиофилизации коллекционных культур алканотрофных актинобактерий

Методика определения адгезивной активности клеток актинобактерий в отношении гидрофобных субстратов

Методика определения коэффициента комплексообразования ионов металлов с Rhodococcus-биосурфактантами

Методика определения сульфидокисляющей активности актинобактерий

Методика определения термодинамических показателей адгезии актинобактерий к углеводородам

Методика получения адсорбированных на органических носителях клеток актинобактерий

Методика получения закрепленных в криогеле поливинилового спирта клеток актинобактерий

Методика получения поликлональных иммунных сывороток против актинобактерий

Методика прямой ПЦР-детекции экологически значимых видов родококков в нефтезагрязненной почве

Методика селективного выделения углеводородокисляющих актинобактерий из природных образцов

Методика спектрофотометрического определения жизнеспособности иммобилизованных в криогеле клеток родококков

Методика хемотаксономического анализа чистых культур актинобактерий

Вернуться к списку УНУ

 

Для просмотра сайта поверните экран